一款非常專業的多序列比對軟件，Jalview官方版界面簡潔友好，功能實用，操作簡單，用戶需要先安裝相應的java組件才能夠正常使用，軟件可以有效地顯示、分析和跟蹤多個序列對齊，除此之外，軟件還提供了人性化的導入導出選項，可以以從到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS塊文件、NBRF/PIR(包括MODELLER變體)或Pfam/Stockholm導入或導出數據，非常的方便實用。

軟件特色

1、人性化的序列顯示方式

2、支持對文字進行調整

3、自帶豐富的著色方案

4、支持自定義著色方案

5、可以依照保守性調整字母的顏色

6、支持導出保存為主流的文件格式

安裝步驟

1、雙擊“install-jalview.exe”安裝

多序列比對工具圖一

2、點擊next出現安裝說明

多序列比對工具圖二

3、一直next安裝就可以了

多序列比對工具圖三

使用教程

如何設置每行顯示的殘基數?

通過在Format 菜單下，點擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變為“分段”顯示，用鼠標拖動序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時，每行顯示的殘基數隨之改變，如下圖。

如何預測得到蛋白的二級結構？

仍以lala.aln文件為例，Web ServiceSecondary Structure PredictionJPred SecondaryStructure Prediction，如果未選擇序列或者選了多條序列，會直接使用比對后的文件，默認以最上邊的一條序列進行預測，速度較快。如果只選擇其中的一條序列，Jalview會自動提交到 JPred 服務器進行比對和預測，花費時間較長（需要幾分鐘）。最終的預測結果會在新的窗口顯示，如下圖。

多序列比對工具圖四

JNetPRED （prediction）即為預測結果，α螺旋（helices）用紅色的條形（red tubes）表示，β折疊（sheets）用綠色箭頭表示（green arrows），JNetHMM 和JNETPSSM一樣，只是基于HMM 和PSSM兩種方法[1]。JNetCONF (confidence)是可信度估計，值越大越可信。

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如何設置每行顯示的殘基數？

通過在Format 菜單下，點擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變為“分段”顯示，用鼠標拖動序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時，每行顯示的殘基數隨之改變，如下圖。

多序列比對工具圖五

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不想看到序列下方的“一堆”怎么做？

在Annotations菜單下，點擊Show annotations，取消顯示annotations即可，如下圖。

多序列比對工具圖六

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怎么拿到對位序列的Consensus Logo圖？